Le génome de la tomate séquencé, une manne pour les sélectionneurs

Mondher Bouzayen ,  Mathilde Causse

Le déchiffrage de la séquence complète du génome de la tomate fournit une connaissance précise des régions fonctionnelles, révélant l'ordre, l'orientation, les types et les positions des 35 000 gènes identifiés. Cela permettra aux scientifiques de déterminer les liens entre gènes et caractères et de mieux comprendre comment l'interaction des facteurs  génétiques et environnementaux, détermine la santé et la stabilité des cultures. La séquence du génome de la tomate servira de référence pour l'identification de gènes d'intérêt chez d'autres plantes de la famille des Solanacées qui constitue la première source légumière au niveau mondial à la fois en quantités produites et en valeur économique. En effet, en plus de la tomate, plusieurs espèces issues de cette famille présentent un intérêt agronomique majeur comme la pomme de terre, le poivron et l'aubergine. Cette famille est aussi une source importante d'essences médicamenteuses.

La connaissance de la séquence du génome est une ressource inestimable pour les sélectionneurs. Elle permet désormais de disposer d'un grand nombre de marqueurs (SNP)[1] polymorphes, facilitant la sélection assistée par marqueurs. L'identification de nouveaux gènes impliqués dans la variation de caractères d'intérêt agronomiques est également facilitée tout comme les recherches translationnelles[2] via la comparaison des structures des génomes dont le nombre ne cesse de croître.

La connaissance des différences entre la séquence du génome de la tomate cultivée et celle de son ancêtre, S pimpinellifolium, apporte aussi un nouvel éclairage sur les mécanismes qui ont permis la diversification de l'espèce au cours de l'évolution et son adaptation à de nouveaux environnements. Le déchiffrage de la séquence montre ainsi que le génome de la tomate a subi une expansion brutale il y a environ 60 millions d'années, période coïncidant avec celle de l'extinction massive d'espèces sur la terre. Si la plupart des gènes issus de ces évènements de duplication ont été perdus, plusieurs persistent encore aujourd'hui et on note avec intérêt qu'ils contrôlent certains des caractères les plus importants chez la tomate comme l'accumulation de pigments et d'antioxydants au cours de la maturation des fruits. La séquence du génome ainsi que d'autres ressources sont accessibles sur le site de Solgenomics (http://solgenomics.net).