Les maladies virales émergentes en horticulture, une menace permanente

Eric Verdin

Depuis la découverte du premier virus chez le tabac à la fin du XIX^e siècle, plus de 1000 espèces virales ont été décrites chez les plantes supérieures. Certaines provoquent de graves épidémies préjudiciables à la qualité des récoltes. Les émergences virales sont particulièrement préoccupantes chez les plantes horticoles même si elles sont moins fréquentes chez les espèces ligneuses (arbres fruitiers), comparativement aux espèces herbacées (maraîchères et ornementales). Pour les cultures légumières, la fréquence d’apparition a été estimée à 1 virus par an depuis ces 15 dernières années.

1 et 3 : souche ancienne 2 et 4 : souche émergente.
Figure 1 : Symptômes du Watermelon mosaic virus (WMV) chez la courgette. A gauche, souche ancienne : marbrure faible sur feuille et absence de symptôme sur fruit - à droite, souche émergente : déformations sévères des feuilles et mosaïque sur fruit – © INRA, H. Lecoq

Une maladie émergente est une maladie nouvellement apparue ou prenant une nouvelle importance pour une culture donnée et dans une aire géographique donnée. Nous parlerons de réémergence à propos de maladies déjà décrites mais qui resurgissent après plusieurs années. Les causes de ces émergences sont très variées : la mondialisation, l’évolution des pratiques culturales et les changements climatiques favorables aux pullulations de certains vecteurs de virus. Enfin, elles sont favorisées par le fort potentiel évolutif des virus qui s’adaptent facilement à de nouveaux hôtes, y compris résistants.

Transmission par les semences ou les pucerons

Voyons quelques situations qui ont conduit à l’installation de virus dans les cultures horticoles en France depuis ces 20 dernières années.
Le Pepino mosaic virus (PepMV) est apparu dans les cultures de tomate en Europe en 1999. L’utilisation de semences infectées a certainement initié l'émergence de ce virus mais la grande stabilité du PepMV et sa facilité de transmission ont contribué à sa dissémination en France par l’intermédiaire de fruits contaminés. Ce virus, présent dans de nombreuses serres de tomates, occasionne des baisses de rendement souvent limitées. Néanmoins, les professionnels doivent rester vigilants car des souches particulièrement agressives ont été décrites dans des pays voisins et pourraient être introduites en France.
L’émergence de nouvelles souches d’un virus déjà présent a pu être suivie ‘en temps réel’ au cours des années 2000. Le Watermelon mosaic virus (WMV), virus transmis par les pucerons, a été décrit en France dans les années 1970. Or depuis le début es années 2000, de nouvelles souches de WMV provoquant des symptômes très sévères, sont apparues dans le Sud-Est et ont presque totalement remplacé les souches autochtones (figure 1). Les outils de biologie moléculaire utilisés pour suivre l’histoire évolutive de ce virus ont montré l’origine extrême-orientale des nouvelles souches sans que l’on connaisse aujourd’hui leurs voies d’introduction.

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